Der Pfarrbezirk Seedorf gehörte seit der Reformation 1528 zum Landgericht Zollikofen und zur Landvogtei Frienisberg. Der Kirchensatz wurde dem Staat Bern übertragen.
Vom romanischen Bau ist das Schiff im Wesentlichen noch erhalten. Im Spätmittelalter erfolgte der Neubau der Westwand und des westlichen Teils der Südwand. Weitere Umbauten fanden 1568 und 1582–84 sowie 1640 (Turm) statt, bevor die Kirche 1716/17 durch Hans Jakob Dünz zum Predigtsaal umgewandelt wurde: der romanische Chor wurde abgebrochen und durch einen Polygonalabschluss ersetzt, die Fenster im Schiff ausgebrochen. Anlässlich des Dünz-Umbaus stiftete die Obrigkeit einen Wappenscheibenzyklus und liess diesen von Glasmaler Andreas Fueter ausführen. Gleichzeitig kam ein neues Chor- und Landvogtgestühl in die Kirche. Anlässlich der Gesamtrestaurierung von 1676/77 wurden zwei Stichbogenfenster im Schiff geschlossen und die romanischen Hochfensterchen geöffnet.