Die Kirche Nidau löste sich 1482 von ihrer Mutterkirche Bürglen ab. Im Anschluss an die Reformation 1528 zog Bern die Kollatur an sich. Zwischen 1607 und 1611 gab es grössere Erneuerungsarbeiten (Bau des Kirchturms und vielleicht bauliche Veränderungen durch den Berner Münsterwerkmeister Daniel II. Heintz). 1678 Umbau zur Saalkirche durch Abraham I. Dünz (Chor- und Langhauserneuerung). Berns Obrigkeit steuerte zu diesem Umbau an die 1'400 Pfund bei und auch die angeschlossenen Landgemeinden leisteten dazu finanzielle Beiträge, die Gemeinde Port 280, die Gemeinde Bellmund 600 und die Gemeinde Ipsach 233 Pfund (Maibach/Schwalm 1994, S. 67). Es ist deshalb denkbar, dass die betreffenden Landgemeinden damals ebenfalls Fenster- und Wappenschenkungen machten. 1771 erhielt die Kirche ein Rokoko-Gestühl und eine neue Kanzel. In der Neuzeit kam es zu umfassenden Renovationen in den Jahren 1912–1914, 1953/54 (Totalsanierung unter E. Indermühle) und 1986–1989 (Aussen- und Innenrestaurierung).
Das im Kirchenschiff befindliche Scheibenpaar der Stadt und des Landvogts Nidau von 1587 musste die Kirchgemeinde Nidau 1914 ans Bernische Historische Museum veräussern, um mit dem Geld die damaligen Wiederherstellungsarbeiten im Gotteshaus finanzieren zu können. Das Museum liess damals für die Kirche von beiden Scheiben Kopien anfertigen und die Originale vom Glasmaler Giesbrecht in Bern reparieren (Jahresbericht BHM Bern 1914, S. 20; Maibach/Schwalm 1994, S. 78f.).