Im Lauf des 15. Jahrhunderts kamen die niederen Gerichte zu Ligerz je zur Hälfte an Bern und Biel. 1551 trat Biel seine Hälfte auch an Bern ab. Von da an gehörte Ligerz zum bernischen Amt Nidau. Als Rechtsnachfolgerin der Grafen von Neuenburg-Nidau war Bern in Ligerz zudem im Besitz der höheren Gerichtsbarkeit.
Die 1404 erwähnte, dem Heiligen Kreuz geweihte Kapelle von Ligerz gehörte bis 1482 zur Pfarrei Diesse. Den Kirchensatz besass die Abtei von St. Johannsen. Bei der Reformation 1528 kam dieser an Bern.
Rodolphe Benoît, der letzte Abt des Benediktinerklosters St. Johannsen (1501/04–1526), war Kollator der Kirche zu Ligerz, die er 1521–1526 erneuern liess. Dies bot ihm 1523 Anlass, um um Fenster und Wappen für den erneuerten Bau zu bitten. In der Folge wurden von verschiedener Seite Doppelscheiben in die Kirche gestiftet. Er selbst machte 1523 dorthin auch eine solche Gabe.
Die Kirche erfuhr 1669 eine Gesamterneuerung sowie Renovationen 1908–1910 und 1963–1972.