Bei der Reformation im Jahr 1528 kam die Kirche von Grafenried mit dem Kirchensatz an den Staat Bern. Die Pfarrei wurde dem Kapitel Burgdorf zugeteilt. Die heutige schlichte Saalkirche mit dreiseitigem Chorabschluss wurde 1747 im späten Barockstil neu erbaut. Bern steuert dazu 700 Kronen bei. Zudem sind in Berns Staatsrechnungen zusätzlich 100 Kronen für die in die Kirche gestifteten Wappenscheiben enthalten (Schweizer 1917, S. 7). Innenrenovationen fanden 1883, 1916/17 und 1988 statt. Während die sechs Wappenscheiben von 1747 heute im Kirchgemeindehaus verwahrt werden, verblieb die ältere Berner Scheibe in der Kirche. Was Bern 1716 zu dieser prachtvollen Stiftung veranlasste, weiss man nicht. 1747 wurde die Bernscheibe in die neue Kirche überführt und dort vermutlich im zentralen Chorfenster platziert (Schweizer sah diese Scheibe 1917 im Chormittelfenster). Schon ein Jahr später mussten Vorhänge gekauft werden, welche die durch die hellen Fenster fallenden Sonnenstrahlen abhalten sollten. Zudem erhielt die obrigkeitliche Scheibe ein Schutzgitter (Amtsrechnungen Fraubrunnen 1748: "2 Fensterumhänge von grüner Sarge in der Kirche [Grafenried] zur Abhaltung der Sonnenstrahlen." "7 Gätterlein von geflochtenem Eisendraht zu Beschirmung der Oberkeitlichen Waapen in den Chorfensteren [Grafenried]..."). Wolfgang Friedrich von Mülinen erwähnt 1890 bei der Beschreibung der Kirche Grafenried keine Glasgemälde. 1963 schuf Max Brunner die drei Ostfenster, womit spätestens zu diesem Zeitpunkt die Bernscheibe in das Nordfenster versetzt wurde.