Seit 1480 besass Bern die Patronats- und Kollaturrechte über die Kirche Bleienbach. Nach der Reformation jedoch investierte Bern offenbar keine grossen Summen in den Unterhalt der Kirche, wenn man von den neuen Fenstern absieht, für die der Berner Rat 1551/52 einen Beitrag zahlte (STAB, Amtsrechnungen Aarwangen 1551/52, B VII 874a). Wegen Baufälligkeit musste die Kirche zwischen 1732 und 1734 nach Plänen des Münsterwerkmeisters Niklaus Schildknecht als Predigtsaal mit dreiseitigem Ostabschluss neu erbaut werden. Anlässlich dieses Neubaus 1734 wurden Scheiben gestiftet. Es folgten im 19. und 20 Jahrhundert mehrere Renovationen: 1877 Reparatur des Chorgestühls und 1884 des Chordaches; 1924/25 Innenrestaurierung; 1945 und 1974 Aussenrenovationen; 1981/82 Innenrestaurierung.
Schon 1887 hatte der Bleienbacher Pfarrer Knapp zwei Scheiben aus der Kirche veräussern wollen. Auf Geheiss des Kantons durfte er diesen Handel aber nicht ausführen. Vielmehr überwies damals der Kanton diese beiden (?) Scheiben an das Kunstmuseum Bern und entschädigt die Gemeinde dafür mit Fr. 200,- (STAB, Reg.-Ratsprot. Nr. 259, S. 280 u. Nr. 275, S. 128). Bei der Innenrestaurierung von 1924/25 erhielt die Kirchgemeinde vom Kanton drei (!) in dessen Besitz verbliebene Wappenscheiben zurück (STAB, Akten Hochbau, Aarwangen/Bleienbach) (dazu Archivangaben bei Eggenberger/Rast 1983 bzw. Binggeli 1994).