Albligen unterstand seit 1423 als Teil der Herrschaft Grasburg den beiden Stadtstaaten Bern und Freiburg, die jeweils abwechselnd im Fünfjahresrhythmus einen bernischen und einen freiburgischen Vogt auf der Grasburg stellte. Kirchlich gehörte Albligen bis 1531 zur Pfarrei Ueberstorf, die ihrerseits dem Orden der Deutschherren und von 1485 bis 1528 dem Berner St. Vinzenzenstift unterstellt war. Nach der 1447 ausgebrochenen Fehde zwischen Bern und Freiburg beanspruchte Bern beim Frieden von 1448 die Herrschaftsrechte über Abligen für sich, sowohl in Religionsangelegenheiten wie in Gerichtssachen und in der Einsetzung von Amtspersonen (Amtmann zu Albligen).
Bei der Fehde zwischen Bern und Freiburg brannte 1448 die Kapelle in Abligen ab. 1485 beauftragte der Berner Rat den Vogt auf der Grasburg, dem Ammann von Albligen beim (Neu-)Bau der Kapelle behilflich zu sein. In der Folge wurde die geostete Kapelle errichtet und den Aposteln Peter und Paul geweiht. 1491 wurde der Vogt angewiesen, "das pfänster zu Abligen zu bezahlen und minen Herren zuzeschriben." 1528 erfolgte unter Bern die Einführung der Reformation und 1529 die Abschaffung der Messe. 1531 wurde Albligen provisorisch von der Pfarrei Ueberstorf gelöst und kirchlich Wahlern zugeteilt. Gegen den Widerstand Freiburgs (eidg. Schiedsspruch) wurde Abligen 1538 zu einer selbständigen evangelischen Kirchgemeinde erhoben. Gleichzeitig erfolgte der Bau des Pfarrhauses und der Einzug des ersten Berner Prädikanten. 1822/23 wurde an Stelle der alten Kapelle die heutige Kirche, ein rechteckiger Saalbau, erbaut. Sie ist ein Werk des Baumeisters Johann Daniel Osterrieth. 1945/46 fand eine Aussenrenovation, 1957/58 eine Innenrenovation und Neuausstattung statt.