Der Kirchensatz von Affoltern gelangte 1357 vom Berner Deutschordenshaus an den Bruderorden von Sumiswald/Köniz. 1484 machte Bern mit dem Ordenshaus Sumiswald aber einen Vertrag, der die Besetzung der Pfarrei Affoltern sowie die Unterhaltspflicht von dortiger Kirche und Pfarrhaus neu regelte. Darin wurde auf Drängen Berns der Gemeinde Affoltern zugestanden, einen eigenen Pfarrer zu haben. Einerseits wurde dieser durch den Kollator gewählt (=Sumiswald, Köniz) und hatte die Verpflichtung, wöchentlich einmal im Schloss Sumiswald Messe zu halten, andererseits musste er aber in Affoltern wohnhaft sein und dort seinen Pflichten nachkommen. D.h. Bern trachtete gegen Ende des 15. Jahrhunderts danach, in Affoltern stärker Fuss zu fassen (dies veranlasste Bern wohl auch dazu, die Ämterscheibe zu stiften). 1528 wurde in Affoltern die Reformation eingeführt. 1698 verkaufte das Deutschordenshaus Sumiswald die Kirchensätze von Sumiswald, Trachselwald und Dürrenroth an den Staat Bern, der dadurch auch in den Besitz der Kirchenrechte von Affoltern kam.
Die heutige Form der ehemaligen St. Michaels-Kirche Affoltern geht auf einen Neu- oder Gesamtumbau von vermutlich 1567 zurück. Erneuerungen 1762/63 und 1783. Ein Umbau um 1500 wäre nicht bekannt.
Renovationen: 1822, 1856, 1887, 1911, 1938 (umfassende Erneuerung), 1973.