Le temple est érigé en 1709 et remplace une église catholique, placée sous le vocable de Saint-Pierre. Il est inauguré entre la fin 1710 et le début 1711. En 1726, la paroisse de Cologny, qui jusqu’alors faisait partie de celle de Vandoeuvres, devient indépendante. Un peu avant 1800, un orgue est offert par la famille Diodati. Montrant très vite des signes de faiblesse, il est remplacé en 1878 par un nouvel instrument. En 1842, un nouveau clocher est construit pour remplacer l’ancien clocheton. A cette occasion, la cloche est refondue et agrandie. En 1904, les architectes M. Camoletti et A. Dufour commencent des travaux de restauration. La fenêtre donnant sur le clos de l’église est agrandie, une nouvelle chaire sculptée est posée devant les orgues et une sacristie est construite. L’inauguration a lieu le 26 août 1906. En 1925, l’orgue est une nouvelle fois changé. En 1938, A. Christen réalise pour la sacristie une dalle de verre. C’est la première dans le canton. Entre 1940 et 1948, M. Naville crée, en collaboration avec le Gruppo Mosaicisti de l’Académie des Beaux-Arts de Ravenne, cinq mosaïques qui ornent les deux porches et le sol extérieur. En 1959, une campagne de rénovation est entreprise à l’extérieur. En 1996, Alice Dabbous réalise quatre vitraux (GEISENDORF-DOMINICE 1955 / MAYOR 1991 / BRULHART-DEUBER-PAULI (1985) 1993).