En 1954, Mgr Charrière crée une paroisse indépendante sous le patronage de Nicolas de Flüe. En décembre, une première messe est célébrée dans la chapelle. Au milieu des années 1960, la paroisse décide de construire une église. Sa première pierre est bénie par Mgr. Bonifazi le 21 mai 1966. Construite par les architectes Virgilio, Jacques Malnati et François Bouvier, l’église est consacrée le 1er octobre 1967. Quatre vitraux en dalle de verre sont réalisés par Jacques Wasem. En 2013, en raison de la baisse constante de fidèles, de la sous utilisation des lieux et de frais de rénovation trop importants, la paroisse Saint-Nicolas de Flüe échange ses locaux avec ceux de l’Eglise catholique anglophone installée depuis 1982 dans le Centre Jean XXIII au Petit Saconnex. Depuis 2007, la communauté anglaise manquait de place, le nombre de ses fidèles augmentant de façon importante. En 2012, elle lance dans ses nouveaux locaux des travaux de rénovation qui se terminent en février 2013 (BRULHART-DEUBER-PAULI (1985) 1993 / Paroisse 2004 / TONINATO 2014).

Paroisse Saint-Nicolas de Flüe, Genève : plaquette souvenir : nouvelle église, Genève, 1967

Armand Brulhart et Erica Deuber-Pauli, “Zone internationale et Vernon”, in Ville et canton de Genève, coll. “Arts et monuments”, SHAS, Berne, (1ère éd. 1985) 1993, p. 214

Saint-Nicolas-de-Flüe 1954-2004, Plaquette, Paroisse Saint-Nicolas-de-Flüe, Genève, 2004

Toninato, A. (2014, 24 septembre). Les catholiques échangent leurs églises pour mieux les remplir. Tribune de Genève. Repéré à http://www.tdg.ch/geneve/actu-genevoise/catholiques-echangent-eglises-mieux-remplir/story/14214390 / Pope John XXIII Parish at St. Nicolas de Flue (n.d.). Move to St. Nicolas de Flue. Repéré le 12 novembre 2014 sur le site de la paroisse : http://www.johnxxiii.ch/?page_id=153