La première mention de l’église date de 1304. Par testament, P. Rafi de Sciez fait des dons à différentes paroisses dont Presinge. Le choeur date du XIIe siècle et il est classé monument historique. Le 19 août 1687, le Révérend Allégret bénit une cloche, appelée Saint-Félix. Celle-ci est posée dans l’encadrement d’une fenêtre. En 1754, la toiture est réparée. En 1816, Presinge fait partie du territoire savoyard accordé à Genève par le roi de Sardaigne. Cette même année elle devient une commune indépendante. En 1821, les travaux pour la reconstruction de l’église sont attribués à J.-F. Dunoyer. Les murs percés d’ouvertures gothiques et le choeur voûté en berceau sont préservés, alors que les chapelles latérales des XIVe-XVe siècles sont supprimées. Entre 1838 et 1839, la façade occidentale est rénovée et munie d’un clocheton à flèche. En 1854, l’édifice est remanié dans le style gothique. Un vitrail consacré à saint Félix est posé dans le choeur. En 1856, une tribune est installée. Le 26 janvier 1873, une nouvelle cloche est bénite par Mermillod. Le 27 avril 1877, une délégation de l’Etat vient réclamer les clefs de l’église. Dès ce jour, les offices ont lieu dans la maison de M. Charrière, actuellement appelée la «Tourelle». Le 29 juillet 1897, les clefs de l’église sont remises au curé. L’année suivante l’édifice est remis à neuf et le 10 juillet 1898, les paroissiens reprennent solennellement possession de leur église. Dès 1922, le curé J.-A. Metral entreprend des travaux de restauration sous la direction de l’architecte Jules Bach : une nouvelle tribune et une voûte en bois à caissons, dont la décoration est confiée à Joseph Falquet, sont édifiées. L’inauguration a lieu le 11 mai 1923. Entre 1967 et 1970, des travaux sont réalisés afin de retrouver l’édifice tel qu’il était avant les adjonctions. En 2004, différents drainages sont entrepris en amont, sous et autour de l'église afin de protéger celle-ci de l’humidité. (BERTRAND 1978 / BRULHART-DEUBER-PAULI (1985) 1993 / BAERTSCHI 1994 / RIONDEL 1994)

Norbert Dunoyer, Notice historique sur la paroisse de Presinge-Puplinge, Saint-Maurice, 1921

Marc-Rodolphe Sauter, “Chronique des découvertes archéologiques dans le canton de Genève”, in Genava Genève, tome 17, Genève, 1969, p. 17

Marc-Rodolphe Sauter, “Chronique des découvertes archéologiques dans le canton de Genève”, in Genava – Genève, tome 20, 1972, p. 115

Pierre Bertrand, Presinge, les origines d’une commune genevoise, Municipalité, 1978

Armand Brulhart et Erica Deuber-Pauli, “Presinge”, in Ville et canton de Genève, coll. “Arts et monuments”, SHAS, Berne, (1ère éd. 1985) 1993, pp. 272-273

Pierre Baertschi (dir.), “Eglise Saint-Félix de Presinge”, in Répertoire des immeubles et objets classés, Genève, 1994, p. 341

P. Riondel, 2 églises : Saint Félix et le Bon pasteur, Presinge-Puplinge, une histoire 1894 – 100 ans – 1994, Genève, 1994

Stefan Trümpler, Les vitraux de l’église Saint-Félix de Presinge GE, 351-GE-0019/00, rapport d’expertise, Vitrocentre Romont, 2015