Jakob II. Weber, der Sohn des Winterthurer Glasmalers Jakob I. Weber (1610–1658) und der Bruder des Glasmalers Heinrich Weber (1644–1667), heiratete  am 29. August 1659 Elisabeth Häsli, die ihm sechs Kinder schenkte. Vermutlich von seinem Vater ausgebildet, hatte er als Glasmaler- und Malermeister Wohnsitz und Werkstatt an der Hintergasse in Winterthur. Dort absolvierten bei ihm Jost Wendel Glogger (Gloggner) aus Luzern sowie Hans Ulrich III. Fisch aus Aarau die Glasmalerlehre und dort amtete er 1683 als Obmann der Gesellschaft der Glas- und Flachmaler.
Dank rund 40 erhaltener, gut zur Hälfte mit seinem vollen Namen oder “J.W.” bezeichneter Werke aus der Zeit von 1659 bis 1683 ist Jakob Weber der am besten fassbare Winterthurer Glasmaler aus der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts. Ausser Institutionen und Privatpersonen aus der Stadt Winterthur und ihrem Umfeld zählten zu seinem Kundenkreis u.a. solche aus St. Gallen, Stein am Rhein SH und dem Thurgau. Unter seinen kirchlichen Auftraggebern finden sich beispielsweise die thurgauischen Klöster von Fischingen, Ittingen und Tänikon. Mehr als einmal wurden bei ihm ganze Scheibenzyklen in Auftrag gegeben, beispielsweise 1680 für das Schützenhaus in Wellhausen TG (davon 8 Werke heute im Historischen Museum Frauenfeld) oder 1681 für die Kirche Wüflingen ZH.
Wie die Glasgemälde aus dem Schützenhaus Wellhausen exemplarisch zeigen, gehörten zu Webers Vorlieben allegorische Darstellungen, die er oft reich mit frommen Sprüchen in deutscher oder lateinischer Sprache versah. Damit erweist sich dieser als einer der “interessantesten und amüsantesten Vertreter” (Paul Boesch) der Winterthurer Glasmalkunst. Technisch ganz seiner Zeit verhaftet, verwendete er für seine Glasgemälde nicht mehr in erster Linie Farbglas, sondern mit Auftragsfarben (kräftig konturiertes Schwarzlot, ziegelfarbenes Eisenrot, Schmelzfarben) bemaltes Klarglas.
Nur schwer fassbar ist Weber hingegen als Zeichner (Entwerfer) und Maler. Laut Boesch existiert von ihm eine einzige signierte Zeichnung, nämlich der 1660 entstandene, auf einer Vorlage Christoph Murers beruhende Entwurf mit der Darstellung des Rütlischwurs im Kunsthaus Zürich. Von seiner Tätigkeit als Flachmaler weiss man nicht viel mehr, als dass er als solcher 1659 mit drei Berufsgenossen am Südturm der Stadtkirche Winterthur sowie später am Neubau der dortigen Bürgerbibliothek beschäftigt war.

Boesch, P. (1955). Die alten Glasmaler von Winterthur und ihr Werk. 286. Neujahrsblatt der Stadtbibliothek Winterthur, S. 77–96, Abb. 23–27.

Egli, J. (1925). Die Glasgemälde des Historischen Museums in St. Gallen. 1. Teil: Die von der Stadt St. Gallen und ihren Bürgergeschlechtern gestifteten Scheiben. St. Gallen : Verlag der Fehr'schen Buchhandlung, S. 66–68, Kat.-Nr. 48.

Egli, J. (1927). Die Glasgemälde des Historischen Museums in St. Gallen. 2. Teil: Die vom Kloster St. Gallen, von Bewohnern der st.gallischen Landschaft und des Landes Appenzell gestifteten Scheiben. Glasgemälde verschiedener Herkunft. 67. Neujahrsblatt Historischer Verein Kanton St. Gallen. St. Gallen : Verlag der Fehr'schen Buchhandlung, S. 79f., Kat.-Nr. 132.

Hasler, R. (2010). Die Schaffhauser Glasmalerei des 16. bis 18. Jahrhunderts. Bern etc. : Peter Lang, S. 274–276, 391f.

Schneider, J. (1971). Glasgemälde. Katalog der Sammlung des Schweizerischen Landesmuseums Zürich. 2 Bde. Stäfa: Th. Gut & Co., II, Nrn. 639, 646, S. 491.

Vignau-Wilberg, T. (1982). Christoph Murer und die "XL. Emblemata Miscella Nova". Bern : Benteli Verlag, S. 258, Abb. 18.